奇芳阁与绿柳居、马祥兴、安乐园并称南京四大清真老字号，也是目前夫子庙地区历史最悠久、且是唯一一家清真老字号。值得“吃货”一看的是，“秦淮八绝”之中，奇芳阁凭借着鸭油酥烧饼和什锦菜包、麻油素干丝和鸡丝浇面争得了其中两绝的席位。张大千、徐悲鸿、于右任、胡小石等名人都曾到此品味茶水小吃。​

南京夫子庙，位于秦淮河畔，为供奉祭祀孔子之地，是中国四大文庙，也是中国古代江南文化枢纽之地、金陵历史人文荟萃之地，更是每一个到南京游玩儿的人必去的地方。夫子庙必逛，位于夫子庙旁的奇芳阁也是必须的地方，那是南京口碑极好的清真老字号。

奇芳阁始建于清朝末年，店名叫奇芳阁清真茶社，地址在南京奇望街（今健康路）的承恩寺附近。辛亥革命之后因股东不和而停业。

1917年，原奇芳阁清真茶社股东中的李海如等人买得夫子庙“龙灯头”宝地贡院街158号重新开业，并改名为新奇芳阁清真茶社。

1937年底南京沦陷，奇芳阁被日本鬼子炸成废墟。

1939年奇芳阁在废墟上重建，1940年春节正式复业，但因其时汪伪政府通货膨胀，物价飞涨，很多股东另谋生计，余者仅为应付门面。

南京解放后奇芳阁从私营转入公私合营，后又转入国营。

1982年在政府支持下奇芳阁翻新改造，1984年店名改成清真奇芳阁菜馆，专营小吃的清真茶社改成小吃、饭菜综合型的酒楼。

1993年8月，奇芳阁一楼租给中外合资博士汉堡公司经营洋快餐，二楼大厅经营早茶、小吃，包间经营清真大菜。

大约2013年合同期满博士汉堡退出，奇芳阁一楼恢复经营小吃至今。

1987年，秦淮区政府专门成立了秦淮风味小吃研究会，在挖掘整理和菜肴创新上做了大量的工作。当年，该研究会经过广泛论证、试制、鉴定，优选了具有秦淮风味特色的8种套点命名为“秦淮八绝”小吃，其中奇芳阁的麻油干丝与鸭油酥烧饼、奇芳阁的什锦菜包与鸡丝面位列其中。也就是说，秦淮八绝总共8套，奇芳阁竟然占了两席。如果算上莲湖糕团店的桂花夹心小元宵与五色小糕，奇芳阁占了3席。作家周而复、金庸，画家亚明，全国人大常委会副委员长荣毅仁等，都先后光顾奇芳阁。荣毅仁食后还挥毫而书：“奇芳阁小吃好”六个大字。

2014年，由跟着老夏吃遍南京发起举办的新秦淮八绝评选中，奇芳阁的萝卜丝鸭油酥烧饼和牛肉馄饨以及莲湖的莲子赤豆元宵入选，位列第五绝。

在2017’世界知名城市“南京周”纽约站期间，奇芳阁旗下莲湖糕团店的重阳糕走进了拥有百年历史、日均50万人流量的纽约火车站上，秦淮小吃掌门人、国家级烹饪大师、非物质文化遗产传承人陆海波本人更是今年“南京周”重要项目“南京面孔”提名人物之一。在“南京周”的舞台上，陆海波用他的拿手绝活，向世界展示了老字号的独特魅力。

话说奇芳阁的小吃一开始在夫子庙就很有名，品种相当丰富。例如煮干丝就有素干丝、什锦干丝、虾仁干丝、三鲜干丝、鸡丝干丝、开洋干丝、五味干丝等。什锦蔬菜包根据不同季节分为嫩菠菜、荠菜、茭儿菜、小青菜等数十个品种。再例如“草鞋烧饼”分甜、咸、素三大类近20个品种，有豆沙、枣泥、萝卜丝、松子、五仁、糖油、葱油、黄桥等。

新奇芳阁小吃好吃的原因有很多，其中的一个重要原因是它的“势力大”。有记载说，新奇芳阁首任总经理为朱寿仁副总经理为阮瀛州，刘海如任副总经理兼业务总管，李仰超任协理，李质轩为董事长，均是当时的达官贵人，股东皆为商界巨子。新奇芳阁有这些政界、商界及军界要人为支柱撑腰，不仅引来社会名流常在此聚会品味，而且地痞流氓也不敢来骚扰了。所以当时社会上特别是茶馆中流传着一句谚语说：“六朝居的楼堂大，得月台的做饮大，奇芳阁的势力大”，新奇芳阁的地位显赫由此可见一斑。张大千、徐悲鸿、于右任、胡小石等名人都曾到此品味茶水小吃。